La gama queda compuesta con motores de 1.0, 1.3, 1.5 litros y D4-D para el Yaris y con los motores de 1.3, 1.5 litros y D4-D para el Yaris Verso (carrocería monovolumen). Todos ellos son motores ya utilizados anteriormente, a excepción del nuevo motor gasolina de 1,3 litros.
En otros mercados hay una versión T-Sport con motor 1.5 VVT-i turboalimentado que desarrolla 150 CV. De momento, no esta prevista su comercialización en España.
Todos los motores gasolina tienen distribución variable (VVT-i), culata de 16 válvulas y han sido revisados para poder cumplir la normativa Euro 4 sobre emisiones contaminantes. Esto les ha hecho perder algún caballo de potencia, aunque también se ha reducido ligeramente su consumo medio sin variar las cifras de prestaciones.
Los motores 1,0 y 1,5 tienen nuevo diseño en los pistones, cambios en el catalizador, un colector de escape más corto (que mejora el par motor a bajo régimen y permite un calentamiento más rápido del catalizador) y una unidad de control electrónico revisada. De esta forma, el motor 1.0 desarrolla ahora 65 CV (antes 68 CV) mantiene el mismo par máximo (90 Nm a 4.100 rpm) y ha reducido el condumo medio hasta 5,6 l/100 km (antes 5,7 l/100 km). El motor 1.5 VVT-i desarrolla 105 CV (antes 106), tiene el mismo par máximo (143 Nm a 4.200 rpm) y el consumo medio se ha reducido una décima (ahora es 6,8 l/100 km).
El nuevo motor 1.3 VVT-i del Yaris está realizado sobre la base del motor 1.0 y desarrolla 87 CV de potencia y 122 Nm de par máximo a 4.200 rpm. Tiene una construcción diferente, con carrera larga: el diámetro y carrera de los cilindros es 72,0 x 79,7 (en el anterior motor es 75 x 73,5) y su relación de compresión es más baja (10,0 a 1 frente a 10,5 a 1). En Toyota aseguran que su entrega de par es superior a menor régimen y esto le hace ser más agradable en su uso cotidiano. También se obtiene un consumo medio más reducido (5,6 l/100 km frente a 6 l/100 km con el anterior motor).
Para cumplir la norma Euro 4, el anterior motor 1.3 que ahora se utiliza sólo en el Yaris Verso introduce los mismos cambios que los motores 1,0 y 1,5 litros. Ahora desarrolla una potencia de 84 CV (antes 86) y el par máximo ha bajado a 122 Nm a 4.400 rpm (antes 124 Nm al mismo régimen. El Yaris Verso 1.3 VVT-i tiene ahora un consumo medio de 6,4 l/100 km (antes 6,5 l/100 km).
El motor Diesel de 1,4 litros con inyección directa, turbocompresor e intercooler (D4-D) recibe ahora un sistema de alimentación por conducto común de segunda generación que trabaja a una presión de 1.600 bares. Esto ha permitido reducir las vibraciones y sonoridad, pero se mantienen los mismos datos de prestaciones y consumo. El Yaris con este motor es uno de los modelos que menos gasta de su gategoría (4,2 l/100 km).
La gama Yaris se ofrece con un cambio manual de cinco marchas y dos tipos de cambio automático. Uno de ellos es el mismo que había anteriormente y sigue utilizándose en los Yaris y Yaris Verso con el motor 1.3 VVT-i. Este cambio automático tiene cuatro velocidades y convertidor de par.
El otro cambio automático es nuevo y se utiliza sólo en las versiones con el motor de 1 litro. Dicha caja se denomina «MMT» (Multi Mode Transmission) y es una evolución del cambio manual de cinco velocidades al que se le ha añadido un embrague pilotado y unos motores eléctricos que se encargan de engranar las marchas. El cambio MMT sepuede usar de forma completamente automática o bien seleccionado las marchas mediante un mando secuencial.
El Yaris 1.0 VVT-i con el cambio MMT tiene un consumo medio inferior (5,4 l/100 km) que con el cambio manual (5,6 l/100 km), aunque también su capacidad de aceleración es inferior (0 a 100 km/h en 15,8 s frente a 13,6 s con el cambio manual). Según Toyota, el consumo se ha reducido porque el cambio MMT selecciona en todo momento la marcha adecuada en función del tipo de conducción realizado.