El Córdoba puede llevar los mismos motores del Ibiza: tres de gasolina (64, 75 ó 101 CV) y tres Diesel (64, 101 ó 131 CV).
Entre los gasolina, el motor menos potente es un tres cilindros de aluminio, de 1,2 litros de cilindrada y 64 CV de potencia. Tiene culata de cuatro válvulas por cilindro y un árbol de equilibrado para limitar vibraciones. El SEAT Córdoba con este motor no se vende en España, pero sí en otros mercados.
Los otros dos motores de gasolina disponibles también son de aluminio (bloque y culata); tienen cuatro cilindros en línea, culata de cuatro válvulas por cilindro, inyección electrónica multipunto y 1,4 litros de cilindrada. Uno desarrolla 75 CV a 5.000 rpm y el otro 101 CV a 6.000 rpm. La diferencia entre ambos está principalmente en la distribución, en el control electrónico, y en los colectores de admisión y escape.
El par máximo es idéntico en ambos motores, 126 Nm, pero mientras que el de 75 CV lo entrega a 3.800 rpm, el más potente alcanza la misma cifra a 4.400 rpm. Esto hace al motor de 75 CV más agradable y brioso a medio régimen (desarrolla el 90 % del par a 2.000 rpm), mientras que el de 101 CV en más enérgico a altas vueltas.
El Diesel menos potente (1.9 SDi) es el mismo que llevaba también el antiguo Ibiza, un motor atmosférico de inyección directa con bomba rotativa que desarrolla 64 CV y un par máximo de 125 Nm entre 1.600 y 2.800 rpm.
Los dos motores turbodiesel tienen en común la cilindrada (1,9 litros), el sistema de alimentación (bomba inyector), la distribución con dos válvulas por cilindro, el turbocompresor de geometría variable y el intercooler (de aire). Uno da 101 CV (74 kW) y el otro 131 (96 kW), ambos a 4.000 rpm. Se distinguen en el control electrónico y que el más potente lleva un turbocompresor sobredimensionado y más presión de sobrealimentación. El TDI 100 CV desarrolla un par máximo de 240 Nm entre 1.800 y 2.400 rpm y el TDI 130 CV entrega 310 Nm a 1.900 rpm.
Todos los motores están conectados a cajas de cambio manuales con cinco velocidades, salvo el TDI 130 que la lleva de seis. Todos tienen desarrollos de transmisión más o menos normales, salvo el 1.4 16V de 101 CV, que los tiene cortos (30,6 ó 31,5 km/h en 5ª a 1.000 rpm según el neumático del acabado Stella o Sport), y el 1.9 TDi 130, que tiene una sexta muy larga (59,9 km/h a 1.000 rpm).
El TDI 130 tiene la caja de cambios de tres ejes que Volkswagen está retirando de algunos modelos (pero que mantiene en otros). Llama la atención el desarrollo de la sexta, que daría una velocidad a régimen de potencia máxima de casi 240 km/h. La velocidad máxima real —209 km/h— se consigue en quinta a poco más de 4.150 rpm.
El Córdoba 1.4 16V de 75 CV es el único que puede llevar, opcionalmente, un cambio automático de cuatro marchas favorecido por la buena elasticidad de su motor.
A igualdad de motor que el Ibiza, el Córdoba nuevo tiene más velocidad punta (2 km/h más) gracias a su mejor aerodinámica, menos aceleración (pesa en torno a 50 kg más) y un consumo similar (en unas versiones es idéntico y en otras varía ligeramente).