El Honda Stream tiene un habitáculo largo y alto pero es demasiado estrecho comparado con otros modelos. Su longitud le permite tener tres filas de asientos que pueden albergar hasta siete pasajeros. Al igual que en el Opel Zafira, la tercera fila del Honda Stream es plegable y se puede ocultar bajo el suelo del maletero con facilidad, algo que aporta una mayor funcionalidad en líneas generales. La estrechez del habitáculo impide acomodar bien a siete adultos, pero al menos admite la posibilidad de sentarlos. Por otro lado, viajar con seis o siete personas sólo es posible siempre y cuando no haya que llevar equipaje, pues el volumen del maletero se ve reducido a la mínima expresión con la tercera fila desplegada (158 litros). Con la tercera fila plegada, el maletero ofrece 435 litros de capacidad hasta la línea inferior de las ventanillas laterales y un espacio diáfano donde guardar muchas cosas (877 litros hasta el techo). No tiene asientos independientes como otros monovolumen ni se pueden extraer, pero con todos plegados la capacidad de carga aumenta hasta 718 litros (1.349 litros hasta el techo). Al plegar la segunda fila de asientos, la longitud interior del maletero pasa de 1,1 m hasta 1,7 m y el fondo queda plano.
La segunda línea de asientos se puede desplazar longitudinalmente (28 cm) para dar más o menos espacio a la tercera fila de asientos o al maletero, permitiendo ajustar el volumen interior a nuestras necesidades puntuales. El espacio para las piernas es muy amplio en la segunda fila y algo justo en la tercera, sobre todo para los pies, al estar la banqueta del asiento central muy baja respecto al suelo del coche. Sin embargo, como el Stream es largo, si llegamos a un compromiso intermedio (desplazando la segunda fila de asientos ligeramente hacia delante) podemos encontrar un espacio suficientemente amplio para las piernas en todas las plazas. La altura al techo es grande, no así la anchura, muy justa en todo el habitáculo. Baste decir que la anchura interior del Honda Stream es 10 cm más estrecha que en un Renault Scénic o un Nissan Almera Tino.
A la tercera fila se puede acceder desde cualquiera de los dos lados del coche. Para hacerlo se pliega el respaldo de la segunda fila y se desplaza la banqueta hacia delante. Pese a ello, no queda un paso cómodo aunque sí suficiente. En la tercera fila sólo se pueden sentar dos personas grandes, en la segunda malamente acomodaremos a tres. En ambas, la banqueta del asiento es corta. El pasajero central se encontrará ante un respaldo poco cómodo y una banqueta en la cual se sienta justo encima del corte intermedio. No es un asiento que torture pero tampoco agrada. Al ser plano el suelo del coche, no hay problemas para colocar los pies. En la segunda fila de asientos, la banqueta está partida por la mitad y el respaldo en partes asimétricas (60/40) abatibles. La parte central del respaldo también se puede abatir como reposabrazos y tiene dos posalatas integrados. Hay reposacabezas y cinturones de seguridad de tres puntos para seis pasajeros.