GT es una nueva versión de equipamiento del Fabia, que se puede combinar con dos motores de gasolina y uno Diesel. Los gasolina son el 1,4 litros de cilindrada con 75 CV ó 101 CV de potencia máxima; el Diesel es un 1.9 litros también de 101 CV de potencia.
Con relación al Comfort, el GT se distingue porque tiene airbags delanteros laterales, retrovisores eléctricos y con desempañamiento, llantas de aleación con neumáticos 195/50 R15, radiocasete y elevalunas eléctricos traseros. Tienen también asientos más envolventes y tapicería negra, volante de tres radios recubierto en cuero y detalles cromados en el pomo del cambio, botón del freno del mano y seguros de las puertas.
Los paragolpes están pintados del color de la carrocería y, opcionalmente, existe la posibilidad de montar un spoiler delantero y trasero diferente, molduras en los pasos de ruedas, un pequeño alerón al final del techo y una salida de escape cromado (como el que aparece en nuestra galería de imágenes).
La versión 1.4 de 75 CV de potencia máxima tiene además (con respecto a los Comfort) ABS y control de tracción de serie; este equipamiento en los GT con motor de 101 tanto Diesel como gasolina es de serie.
El Škoda Fabia GT 1.4 16v 75 CV cuesta 13.550 € (890 más que el Comfort); el Škoda Fabia GT 1.4 16v 101 CV tiene un precio de 14.030 € (820 más que el Comfort) y el Škoda Fabia GT 1.9 TDI 101 CV cuesta 15.540 € (680 más que el Comfort). El GT TDI tiene menos diferencia de precio con relación al Comfort porque no lleva elevalunas eléctricos traseros de serie; las versiones GT de gasolina sí lo llevan.