El motor Diesel que lleva el Honda Civic es similar al del modelo anterior. Su denominación comercial es 1.6 i-DTEC y tiene 1597 cm³, que provienen de un diámetro y carrera de los cilindros de 76 y 88 mm respectivamente. Tanto el bloque como la culata están fabricados en aluminio. Tiene dos árboles de levas (en cabeza). Alcanza su potencia máxima, 120 CV, a  4000 rpm. El par máximo, 300 Nm, es a 2000 rpm. El bloque es de tipo «open-deck», es decir, los conductos  de refrigeración rodean completamente a los cilindros. Tiene arranque y parada automáticas durante las detenciones (Stop&Start).

Todos los datos anteriormente citados son iguales que en el motor 1,6 Diesel disponible en el anterior Honda Civic. Una de las cosas nuevas es que hay nervios de fundición en la cara exterior del bloque, que incrementa su rigidez estructural y mejora la calidad del ruido, vibraciones y aspereza de funcionamiento.

En el anterior motor, los pistones eran de aluminio. En el nuevo, son de acero forjado. Según Honda, tienen menos pérdidas de calor y, por lo tanto, el bloque alcanza menor temperatura. Como el bloque traslada menos calor a la culata, esta puede ser más ligera (pesa 280 gramos menos).

Otro punto importante es que tiene medidas para reducir la fricción de sus partes internas. Afectan a la cadena de la distribución y a los cilindros. Para esto último, hay un tratamiento especial (denominado en inglés Super Plateau Honing) en la cara interior de los cilindros que permite que haya más aceite lubricante en su superficie de contacto con el pistón. Según Honda, esta técnica también mejora la resistencia al desgaste.

La menor fricción mencionada implica que se produzca menos calor. Gracias a ello, se reduce la presión máxima de combustión de 15,8 MPa del anterior motor Diesel a 14,6. Como la temperatura y a presión durante la combustión son menores, el consumo de carburante puede ser más bajo.

Otras medidas buscan reducir la producción de gases NOx durante la combustión y mejorar su tratamiento en el catalizador. Honda ha conseguido que este motor cumpla con las normas anticontaminación Euro 6d-Temp sin necesidad de utilizar aditivos de urea (Adblue).

La presión máxima de inyección es a 1800 bar, la misma que en el modelo anterior. Sin embargo, la gestión de las inyecciones es distinta para reducir la temperatura durante a combustión y, con ello, la producción de gases NOx. Otra medida que busca el mismo fin es que el sistema de recirculación de gases de escape (EGR) funciona en un abanico más amplio de condiciones.

El catalizador es más capaz de oxidar y reducir los NOx. El segundo gran cambio está en el filtro de partículas, que tiene un recubrimiento que ofrece mayor superficie de contacto con los gases de escape, lo que mejora su capacidad para almancenar partículas y posteriormente tratarlas.

El turbocompresor, de con álabes de geometría variable, ha sido revisado para que tenga menos pérdidas de energía, algo que se ha conseguido con un nuevo diseño tanto de la turbina como del compresor. El control de la velocidad de giro del compresor es más preciso para que tenga menos retraso de respuesta (turbo-lag) con lo que se busca una mejor respuesta del motor.

El Honda Civic 1.6 i-DTEC pesa 1362 kg, que es sólo 12 kg más que Civic 1.0 Turbo VTEC de 129 CV. La veocidad máxima del segundo es ligeramente mayor, sin embargo, en Diesel acelera mucho mejor desde 0 a 100 km/h según datos oficiales (ficha comparativa).