En el exterior de los Yaris ha variado el diseño frontal y posterior. Ahora, los paragolpes delanteros están pintados en todas las versiones, tienen entradas de refrigeración diferentes, faros antiniebla rediseñados y llevan nuevas protecciones para evitar los roces de aparcamiento. Las entradas de aire frontales vienen con una malla distinta y los faros tienen «forma de lágrima». La parábola de dichos faros está cromada, lo que da un aspecto diferente, y en Toyota afirman que iluminan mejor en cortas y largas. En la parte trasera ha cambiado ligeramente la forma de los faros y de los paragolpes pintados en el color de la carrocería.

El Yaris T-Sport también tiene nueva imagen en los paragolpes y nueva disposición de los faros antiniebla delanteros y traseros. Como anteriormente, sigue diferenciándose del resto de las versiones con ciertos elementos de diseño.

El monovolumen Yaris Verso tiene los rasgos principales de diseño que caracterizan al resto de la gama, con cambios en el frontal y la parte trasera. La entrada de aire inferior del paragolpes delantero es ahora de malla en lugar de barras horizontales de plástico y la parte trasera tiene unos pilotos con una transparencia distinta y un diseño diferente.

Toyota ha variado el tono del salpicadero (más oscuro), llevan unas salidas de aire distintas y mandos de diferente aspecto en la ventilación, equipo de audio y sistema de navegación (opcional). La parte superior del salpicadero tiene una rediseñada cúpula en la parte central que alberga una instrumentación también revisada en su diseño. En el Yaris y Yaris Verso, la instrumentación está en una pantalla, mientras que el Yaris T-Sport lleva indicadores analógicos con fondo plateado. El volante también tiene otro diseño y, opcionalmente, puede llevar integrados nuevos mandos para el ajuste del sistema de sonido (de serie en las versiones «T-Sport» y «Sol»). Además, se han cambiado las tapicerías y revestimientos interiores.

El antibloqueo de frenos con repartidor electrónico de frenada (EBD) pasa a ser de serie en todas las versiones, y las cinco plazas llevan ahora cinturón de seguridad de tres puntos de anclaje y reposacabezas. El airbag lateral delantero también está disponible en todos los Yaris.

Los asientos delanteros se han renovado, tienen regulación en altura en todas las versiones y, en el Yaris de tres puertas, ahora vuelven a su posición anterior cuando se abaten para dejar paso a las plazas posteriores (antes había que volver a regularlos). En el Yaris T-Sport no cambian los asientos delanteros; siguen siendo de corte deportivo y ofrecen una mayor sujeción lateral, pero no tienen esa función para no tener que reajustarlos después de abatirlos.

Al igual que antes, los asientos traseros tienen ajuste longitudinal, pero ahora se puede regular su posición también con un mando situado en el maletero (antes sólo desde el habitáculo). El Yaris Verso tiene nuevos asientos traseros que se repliegan totalmente sobre el suelo para dejar un fondo de carga prácticamente plano.

Toyota ha revisado el reglaje de amortiguadores y muelles de todas las versiones para obtener un mejor equilibrio de estabilidad y comodidad. También ha introducido discos de freno traseros en todos los Yaris del mercado español (en otros mercados siguen teniendo tambores). La estructura de la carrocería se ha reforzado en el suelo, los montantes delanteros y otros puntos vitales para incrementar la seguridad.

El control de estabilidad (VSC) y tracción (TRC) se introduce por primera vez en este modelo, aunque sólo está disponible en el Yaris 3p 1.5 VVT-i T-Sport (de serie) y en el Yaris Verso 1.5 VVT-i (en opción).

La gama Yaris 2003 se ofrece con nuevos colores para la carrocería y las llantas de aleación opcionales de 15" tienen diferente forma.