El Cupra R se distingue principalmente por el paragolpes delantero, que integra tres grandes tomas de aire. Como en el Cupra 4, las tomas de aire inferiores están cubiertas con una rejilla en forma de panal. Las tomas de aire superiores también son distintas. En el Cupra R, las que están junto a los faros son semejantes, pero cubiertas con la misma rejilla de barras horizontales que otros León. La toma central, donde va el escudo de SEAT, es más pequeña en el Cupra R, y está suplementada por una pequeña toma inferior que no tienen otros León.
Lateralmente se distingue por el diseño de las llantas, exclusivo para esta versión; los estribos son iguales que los que lleva el Cupra 4.
El paragolpes trasero es distinto del que lleva el Cupra 4, aunque el estilo es muy semejante en ambos casos. La diferencia principal es que el Cura R lleva una franja inferior pintada de negro. En el extremo izquierdo de esa llanta está la salida de escape, por una única boca ovalada. El alerón que hay en la parte superior del portón es igual.
Otra diferencia de detalle en el portón es que el letrero «León» del Cupra R está en el centro, no a la izquierda. A su lado está el logotipo «R» con la bandera a cuadros, visible también en el frontal y las aletas delanteras.
El asiento también tiene ese logotipo, pero su estructura es la misma que la que lleva el Cupra normal. Opcionalmente habrá un asiento Recaro, que también es el mismo del Cupra 4. No hay otros cambios importantes en el interior, salvo detalles decorativos, como las letras de la instrumentación rojas sobre fondo blanco (en lugar de negras).
En el equipamiento de serie hay control de estabilidad (incluye el de tracción; antibloqueo de frenos y servofreno de emergencia); cuatro airbags (le faltan los de cabeza); retrovisores abatibles con mando eléctrico; volante, pomo del cambio y empuñadura del freno de mano forrados de cuero; cuatro elevalunas eléctricos; radio con lector de CD; y ordenador.
Quedan como opción los asientos Recaro, un cargador de 6 CD, navegador, alarma y preinstalación de teléfono.