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Con relación al anterior Boxster, la longitud crece 5 mm, debido a la diferencia que hay en los paragolpes. El paragolpes delantero es ligeramente más sobresaliente, con las tomas de aire un poco al estilo del Porsche 911. El Boxster S se distingue del normal en que tiene una tercera toma central de aire, en lugar de dos. Dicha toma de aire adicional es la que incrementa el coeficiente aerodinámico del Boxster S a 0,32 (el Boxster tiene un Cx 0,31), aunque dichos valores no han variado respecto a los anteriores modelos.
El paragolpes trasero tiene enmarcadas en el centro las salidas de escape. Como ocurría antes, el Boxster tiene una salida de escape ovalada y el Boxster S tiene dos circulares, aunque en ambos modelos tienen diferente diseño.
Las tomas de aire laterales son un poco más prominentes; por la izquierda entra el aire de admisión, la derecha refrigera el vano del motor. Todas las tomas de aire (delanteras y laterales) tienen aletas que ahora están pintadas del color de la carrocería.
El alerón trasero, que sigue levantándose automáticamente a partir de 120 km/h, es un poco más grande que antes. Este alerón, a diferencia del que tiene el 911 Carrera, sólo tiene la función de limitar la elevación aerodinámica (no crea un flujo de aire hacia el motor) y ha permitido reducir el coeficiente ascensional de la parte trasera en torno a un 30 por ciento.
Porsche ha modificado completamente la capota de lona. Su diseño es ahora más parecido al de la capota dura de aluminio que se ofrece opcionalmente y tiene en la parte trasera una luna de vidrio que ha sustituido a la anterior luna de plástico, lo que mejora la visibilidad y permite poner una resistencia para que no se empañe. Dicha capota tiene una articulación en forma de «Z» y, cuando está plegada, la parte superior queda por encima de la luna para protegerla. La presencia de este cristal hace que la capota se pliegue de manera distinta y también varía el perfil que tiene el coche con la capota puesta.
En el interior hay varios cambios: botones horizontales en la consola (en lugar de oblicuos); el volante y los tiradores de las puertas tienen ahora el color del interior (no son necesariamente negros); hay un portabotes doble que se esconde por debajo de las salidas centrales de aire en el salpicadero; bajo el airbag del acompañante hay una nueva guantera de 5 litros de capacidad que puede albergar un documento de tamaño DIN A4, tiene cerradura y luz, pero no refrigeración. La llave de contacto puede memorizar hasta cuatro posiciones del puesto de conducción, si tiene ajuste eléctrico. Las tapas de los dos maleteros (delantero y trasero) tienen ahora mandos de apertura eléctrica (antes eran dos tiradores mecánicos) y también se pueden abrir con el mando a distancia del cierre centrizado.
El sistema PCM (Porsche Communication Management), que engloba la radio, el lector CD, el ordenador, el navegador y el teléfono tiene una red de datos de fibra óptica, una nueva pantalla en color de 5,8" en formato 16:9 y un teclado de doce caracteres para introducir más fácilmente números de teléfono o seleccionar las emisoras de radio.
Respecto al anterior modelo, el peso aumenta 15 ó 20 kg en el Boxster (según tenga caja de cambios manual o automática) y 25 kg en el Boxster S (con cualquier caja de cambios).