El CL ha recibido ligeros retoques de diseño en el interior, pero no presenta mejoras destacables en funcionalidad o habitabilidad. Dado su tamaño, es un cupé de dos puertas con cuatro amplias plazas. Detrás pueden viajar cómodamente dos personas adultas con suficiente espacio para las piernas y altura al techo. No hay posibilidad de acomodar a un quinto pasajero, ya que entre los dos asientos posteriores hay una guantera con la tapa acabada en madera.
Las plazas delanteras son muy amplias y el puesto de conducción ofrece múltiples reglajes eléctricos del asiento y el volante que permiten encontrar la postura más adecuada con facilidad. Todos los mandos se encuentran a mano y la visibilidad hacia el exterior es correcta. El nuevo diseño de los mandos de la consola central renueva la imagen del salpicadero, pero no aportan nada más. Como anteriormente, dichos mandos se accionan con mucha facilidad.
Lo que sí ha mejorado es la visión de las funciones del sistema «COMAND» con la nueva pantalla en color de tamaño más grande (6,5 pulgadas) y en formato 16:9. El COMAND tiene también nuevos mandos, es ahora equipo de serie en todos los modelos e incluye equipo de radio, cuatro amplificadores de 25 vatios cada uno, reloj y lector de CD. En el CL 600 lleva incorporado de serie el navegador (opción en el resto) y opcionalmente se puede completar en todos los CL con equipo de teléfono, cargador de CD's y receptor de televisión.
Aparte del completo equipamiento que tienen de serie los Mercedes-Benz CL, se pueden completar con elementos tan útiles como el «Linguatronic», el «Distronic» o el «Parktronic». Como otros modelos de la gama (Clase S y Clase E), los CL tienen ahora una nueva opción de volante calefactado. El aro se calienta mediante unas resistencias térmicas interiores que reducen su poder calorífico a los siete minutos de ser activadas y se desconectan por completo cuando el habitáculo alcanza la temperatura seleccionada en el climatizador automático.
El acabado interior sigue siendo sobresaliente, por calidad de los materiales y ajuste de los mismos. El cuero se utiliza para tapizar todos los asientos y revestir el salpicadero, los paneles de las puertas y la tapa de la guantera situada entre los asientos delanteros. Maderas de nogal o castaño aportan un toque de elegancia en la consola central, las puertas y los revestimientos laterales traseros. En el CL 600 se incrementa la sensación de lujo y la suavidad al tacto con revestimientos de piel napa en el salpicadero y con Alcantara forrando el techo y sus montantes.
El volumen del maletero no ha cambiado. Sigue teniendo 450 litros de capacidad (según norma VDA). No es mucho en un coche de casi 5 metros de longitud, pero suficiente para llevar abundante equipaje.