El equipamiento de serie incluye las dos pantallas (cuadro de instrumentos y central), climatizador con ajustes en dos zonas, arranque por botón, aviso por salida involuntaria del carril y faros con tecnología led excepto para los intermitentes. Entre las cosas que no tiene de serie y que sí es normal encontrar en coches más baratos está, por ejemplo, la cámara de marcha atrás, el espejo retrovisor de oscurecimiento automático, el ajuste lumbar para los asientos delanteros, los espejos de cortesía iluminados o el sistema de reconocimiento de señales de tráfico.

Opcionalmente, y como es habitual en los coches de precio elevado (especialmente de marcas alemanas), la cantidad de elementos se pueden añadir permite al cliente configurarse un coche que se ajuste bien a sus preferencias, siempre que dedique el tiempo necesario a conocer bien la extensísima lista de opciones. 

Entre las opciones disponibles para el A3 hay elementos muy avanzados o con una calidad de funcionamiento que no se encuentra en coches de precios más populares. Un ejemplo, son los faros matriciales, muy interesantes para quien viaje mucho por la noche por vías sin iluminar (de lo contrario, no tienen sentido). Pueden iluminar distintas partes de la carretera de manera selectiva dejando otras (donde hay otro vehículo) sin luz; además, Audi usa una zona de estos faros, la que se «mete» hacia la parte inferior del paragolpes, para distinguir las diferentes versiones: en las que llevan el paquete Advanced se iluminan como si fuesen un «3» (imagen); en las S line son dos tiras verticales (imagen); en las híbridas enchufables son tres horizontales; y en el S3 se encienden como si fuera una bandera de cuadros (imagen).

También es posible cambiar la pantalla del cuadro de instrumentos (en la de serie, el nivel de combustible, la temperatura del motor y algunos testigos no están en la pantalla) por una más grande y con más funciones llamada Virtual Cockpit Plus
(imagen). Otras opciones son una suspensión de dureza variable y un sistema de información proyectada en el parabrisas. El portón del maletero puede tener accionamiento eléctrico y una función de apertura manos libres que se activa al pasar el pie bajo el paragolpes trasero.

El sistema multimedia tiene funciones que no podía llevar el anterior A3. Entre otras, ahora es posible configurar el teléfono móvil para que funcione como llave del vehículo y, gracias a la tecnología C2X, puede comunicarse con ciertas infraestructuras viales para, por ejemplo, encontrar huecos de aparcamiento libres o calcular una ruta al destino teniendo en cuenta el funcionamiento de los semáforos; al menos por ahora, este sistema no es de utilidad en España dado que no hay infraestructura que lo soporte. El sistema de navegación utiliza los mapas de Google Earth, tiene acceso a modelos en 3D de las principales ciudades.

Audi ofrece cuatro paquetes de opciones (Advanced edition, S line edition, Genuine edition y Black edition).