Desde el fondo hasta la cortinilla que lo cubre, el maletero del allroad es igual que el de las A6 con carrocería familiar sin tracción total. Lo que no tiene el allroad (ni los Avant con tracción total) es un doble fondo tan profundo como los A6 Avant de tracción delantera.

El volumen principal del maletero tiene es 565 l y un acceso que lo hace fácil de llenar. Mide 119 cm de fondo, 109 de ancho y 44 cm de alto (medido hasta la cortina). Si se abate el respaldo trasero, la longitud aumenta hasta unos 2 m (depende de la posición en la que estén los asientos delanteros). La banqueta es fija, sólo se abate el respaldo, y al hacerlo no queda una superficie completamente enrasada con el maletero.

Aunque el volumen del maletero del Audi allroad es normalmente grande, lo distinguen las diversas posibilidades de configurarlo para transportar diferentes objetos. Sólo en elementos opcionales, previstos para facilitar la carga en el maletero del allroad, el cliente puede desembolsar más de 3.000 €.

Hay dos soportes para cortinas en el maletero. Uno, de serie, es el de la cortina opaca horizontal que lo cubre. El otro, opcional (125 €) es una cortinilla translúcida que separa verticalmente el habitáculo del maletero, y que llega hasta el techo. Este segundo soporte se puede colocar en dos lugares: por detrás del respaldo trasero, imagen y, si el respaldo trasero está abatido, por detrás de los respaldos delanteros.

El A6 tiene de serie dos rieles con cuatro robustas argollas que se pueden fijar a lo largo de esos rieles, imagen. Sobre estos rieles se puede colocar los elementos de la opción denominada «Set de fijación para el maletero» (185 €), que consta de una separación de aluminio y una separación de un tejido semejante al del cinturón de seguridad. Estos elementos favorecen que la distribución del maletero sea la más conveniente en cada momento. Además, el maletero puede tener una red convencional que se fija sobre las argollas (no se puede adquirir por separado, sino que viene dentro de un paquete de opciones).

De serie tiene dos cajones con tapa a ambos lados del maletero. Opcionalmente, uno de estos huecos puede llevar una cerradura. También puede llevar una especie de cajón situado en la parte del maletero más próxima a los asientos, está compartimentado y permite guardar en él ciertos objetos separados del resto del maletero, imagen. La abertura de este cofre puede ir orientada hacia el respaldo de los asientos traseros (es decir, lo depositado ahí estaría accesible desde el interior, con sólo abatir el respaldo) o hacia el portón del maletero. Este cajón requiere cierta habilidad para colocarlo en su sitio con poco esfuerzo, y cuando no se usa, hace falta un sitio donde dejarlo. Colocado en su sitio resta unos 30 cm a la longitud total del maletero.

Además de que todos estos elementos me parecen muy útiles, su calidad de construcción es notable y están hechos de manera que resultan muy fáciles de manejar.

De serie, el fondo del maletero está tapizado en tela. Opcionalmente (125 €), puede tener un recubrimiento reversible que es de goma por un lado (más fácil de limpiar) y de tela por otro. También hay prevista una bolsa en el maletero para transportar esquís (240 €) y un soporte específico para bicicletas, imagen (175 €).

Otra opción que puede ser muy práctica es la bola del maletero escamoteable debajo de la carrocería (1.165); su manipulación es parte manual y parte automática, pero no hace falta ninguna herramienta para accionarla.

El portón del maletero puede estar accionado automáticamente. Es una opción que cuesta 645 €.