El Škoda Roomster tiene una gran variedad de posibilidades para modificar la configuración de los asientos y del maletero.
Las plazas delanteras del Roomster corresponden las de un turismo normal, no a las de un monovolúmen por dos razones, primera: los asientos van relativamente cerca del suelo. Segunda: ni el parabrisas, ni el techo quedan lejos de los ocupantes.
Sin embargo las plazas traseras sí son grandes y la sensación de espacio también (en estas plazas, la carrocería es mucho más ancha y alta). Los asientos traseros están 46 mm más altos que los delanteros, para mejorar la visión de los ocupantes de esas plazas.

El marco inferior de las ventanillas posteriores queda muy bajo, lo que favorece la visibilidad de los ocupantes de estas plazas. En Škoda denominan esta disposición de la ventanilla posterior como «efecto cine». Estas ventanillas no bajan completamente, sino que quedan a poco menos de media altura.

Atendiendo al espacio, el Roomster es uno de los coches (sean con carrocería turismo o monovolumen) más espaciosos que hay con una longitud similar (mide 4,2 m): tiene mucho espacio en todas las dimensiones, donde más sobresale es en la distancia entre respaldos delanteros y traseros.

Con un tamaño similar hay coches como un SEAT Altea, un Renault Scenic o un Volkwagen Golf Plus; ninguno de estos es más espacioso en las plazas traseras. No obstante, el Roomster es menos adecuado que otros monovolúmenes para que vayan tres personas en las plazas traseras porque el asiento central es peor que los otros dos (más estrecho y con una forma menos acogedora); para dos ocupantes atrás el Škoda Roomster sí es uno de los más indicados.

Si normalmente van a viajar dos personas atrás, el Roomster sí es uno de los más adecuados porque acoge bien a ocupantes de casi cualquier talla; las dos plazas laterales son buenas porque tienen un contorno que recoge bien el cuerpo y un reposacabezas que queda bien colocado. Una solución interesante es si se quita el asiento central, los laterales pueden desplazarse 11 cm hacia el centro (imagen). Esta posibilidad tiene la ventaja de que es la configuración más segura para que viajen dos personas detrás, ya que el cuerpo queda más alejado de la carrocería en caso de impacto lateral.

Cambiar de tres a dos plazas (o viceversa) es difultoso porque requiere sacar el asiento del centro, abatir los dos asientos laterales y soltarlos de sus fijaciones para que se desplacen lateralmente (no hace falta cogerlos a pulso). Un Opel Meriva tiene una solución más cómoda para centrar los asientos laterales de las plazas traseras.

Las tres plazas laterales son individuales. Las dos laterales se pueden desplazar longitudinalmente hasta 15 cm. La plaza del medio tiene el inconveniente que no se puede desplazar. Cada una de las tres partes que compone el asiento trasero se puede extraer por separado, pero son pesadas. El del centro pesa unos 10 kg y los laterales más.

Si por espacio es tan recomendable, no lo es tanto por los elementos de confort que hay para los ocupantes de atrás: con respecto a los monovolúmenes mejor equipados, al Roomster le faltan elementos como cortinillas en las puertas (puede tener cristales oscurecidos), salidas de ventilación individuales, cajones para dejar objetos (no hay bolsas en las puertas ni una guantera entre los dos asientos cuando se prescinde del central) o mesitas detrás del respaldo de los asientos delanteros. Tampoco hay previstos otros elementos de mayor o menor interés, como un sistema de entretenimiento para las plazas traseras.

La capacidad del maletero varía entre 450 l y 530 l, en función del lugar en el que se encuentren los asientos traseros. Si plegamos estos, el espacio para equipajes aumenta hasta 1.555 litros. La capacidad máxima del maletero, extrayendo los asientos traseros, es de 1.780 litros.

Cuando los asientos se extraen queda una zona de carga completamente plana. Con los asientos extraídos, en el interior del maletero hay altura suficiente para fijar bicicletas, con un accesorio que vende Škoda (que pueden ir colocadas de pie y sólo requiere quitar la rueda delantera).

El maletero tiene otros muchos elementos que facilitan la carga de objetos de diversos tamaños; hay argollas para sujetar la carga, seis ganchos para colgar objetos, una toma de corriente. Además la bandeja posterior puede situarse a dos diferentes alturas, separadas 25 cm (imagen e imagen). La rueda de repuesto es del mismo tamaño que las otras cuatro.

Una cosa que Škoda no ha resulto bien es que cualquiera que sea la posición en que se coloquen los asientos traseros, siempre queda un hueco entre los respaldos y la bandeja del maletero. En esta bandeja es rígida y no hay nada que cubra el espacio que queda entre ella y los respaldos de los asientos traseros cuando éstos están adelantados. Por tanto, se puede llegar a ver si hay algo en el maletero.

Los asientos delanteros son mejores en las versiones Fun que en el resto porque sujetan mejor el cuerpo. Opcionalmente, el Škoda Roomster puede tener bandejas debajo de los asientos delanteros.

En todas las versiones hay dos guanteras delante del conductor, la inferior con luz. En las versiones equipadas con aire acondicionado, la guantera inferior está refrigerada. También tiene compartimentos en las puertas de las plazas delanteras, un cajón en la consola central (opcional en la versión más económica «Friend») y bolsillos situados en el respaldo de los asientos delanteros.

En la parte superior de las bolsas de las puertas hay un elástico, muy útil para sujetar documentos u otros elementos (imagen). El techo panorámico de cristal permite que entre mucha luz al habitáculo. Este techo es fijo, no se puede abrir. Para evitar los efectos molestos de un sol intenso hay dos cortinillas confeccionadas con un tejido perforado para cubrir toda la superficie el techo.