Al igual que el Fabia 5p, el Fabia Combi se ofrece con tres niveles de equipamiento: Classic, Comfort y Elegance.

Todos los modelos, desde las versiones Classic, tienen de serie airbag del conductor, dirección asistida, asiento posterior abatible por partes (60/40), puntos de anclaje Isofix para asientos de niños, volante regulable en altura y longitud, filtro antipolen y recirculación de aire, inmovilizador antirrobo, cubre maletero enrollable, barras en el techo y paragolpes pintados en el color de la carrocería.

Los modelos con acabado Comfort y Elegance disponen de serie de doble airbag frontal, faros delanteros antiniebla, asiento del conductor con reglaje en altura, toma de corriente adicional en el maletero (12 v), indicador de temperatura exterior, ordenador de viaje, elevalunas eléctricos delanteros y cierre centralizado.

Para los modelos Elegance, el equipamiento de serie se completa con climatizador automático (que tiene además una toma de refrigeración en la guantera), elevalunas eléctricos en las cuatro puertas, retrovisores eléctricos y calefactados, cierre centralizado con mando a distancia, asientos delanteros calefactados y llantas de aleación de 14 pulgadas de diámetro (de 15 pulgadas en el 2.0 de 115 CV).

En el Fabia Combi se introducen nuevos elementos opcionales muy interesantes, algunos de los cuales también se ofrecerán en el resto de la gama Fabia: navegación por satélite, cargador de CD, reposacabezas central trasero, tapicería de cuero (en Elegance), sistema de control de distancia de aparcamiento (sólo en los Combi) y control de estabilidad (sólo en el modelo 2.0 de 115 CV). El sistema de control de tracción (ASR) se ofrecerá de serie o como opción dependiendo del nivel de acabado y el motor.

La calidad de terminación de los nuevos Fabia Combi está a años luz de los Škoda de hace tan sólo 10 años. La parte superior del salpicadero se fabrica mediante una técnica denominada "slush" que utilizan fabricantes de reconocido prestigio como BMW. Con dicha técnica se confecciona un material mullido de agradable tacto y muy buena imagen. La calidad es peor en la parte inferior, realizada en un plástico duro de buena presencia pero un tacto menos agradable. El remate y ajuste de todos los elementos parece bien hecho.