El habitáculo del Mercedes-Benz Clase E Estate es prácticamente idéntico al de la versión con carrocería de cuatro puertas, salvo porque el maletero tiene más capacidad y porque la altura libre hasta el techo en las plazas traseras es dos centímetros mayor —en ambos casos, medidos en unidades con el techo panorámico opcional—.

El maletero tiene 640 litros de capacidad, 55 menos que el modelo al que reemplaza y 100 más que el de la variante berlina (ficha comparativa). Los maleteros de sus rivales más directos —Audi A6 Avant, BMW Serie 5 Touring, Volvo V90 o Jaguar XF Sportbrake—, son claramente más pequeños, pero también existen algunas alternativas con carrocería más corta que tienen uno mayor, como el Škoda Superb Combi o el Volkswagen Passat Variant (660 y 650 litros, respectivamente). Listado de turismos familiares que miden más de 4,75 metros de longitud, ordenados por el volumen de su maletero. 

Según nuestras mediciones, el maletero del Mercedes-Benz Clase E Estate 2016 tiene una profundidad mínima de 111 centímetros y una anchura de 110. La altura —desde el piso que separa el doble fondo— hasta la cortinilla que lo cubre es de 45 centímetros. El producto de estas mediciones da 549 litros de volumen (que es un dato aproximado pues no tiene en cuenta los recovecos). Las mismas cotas del maletero del Škoda Superb Combi son 117 x 101 x 49 centímetros y da un volumen mayor (579 litros).

Es posible aumentar la capacidad de carga en 30 litros colocando los respaldos de los asientos traseros en una posición 10º más cerca de la vertical. Esta solución hace que los ocupantes de estas plazas viajen notablemente más incómodos. Los respaldos de los asientos posteriores están divididos en tres secciones (40:20:40) y se pueden abatir eléctricamente desde dos mandos ubicados en los laterales del maletero (imagen) o desde otros dos ubicados entre los respaldos traseros y las puertas (imagen). Al hacerlo, la superficie de carga restante queda completamente plana y se obtiene el máximo volúmen de carga: 1820 litros.

Al abrir el portón, la cortinilla cubre equipaje se desplaza de manera automática a través de unos raíles situados en los laterales de los pilares posteriores (imagen). De esta manera, se libera un hueco muy amplio para introducir objetos sin tener que retirar la cortinilla a mano por completo (que también se puede hacer, si es necesario). El portón tiene, de serie, apertura y cierre eléctricos y en opción se puede añadir una función que lo acciona si se pasa el pie por debajo del parachoques trasero (es una función útil cuando se tienen las dos manos ocupadas). 

El espacio de carga principal tiene unas formas muy regulares, por lo que resulta fácil aprovechar todo el espacio disponible. Tanto la moqueta empleada para recubrir las paredes y el piso como los plásticos o el metal utilizados denotan esmero en su fabricación y le dan al maletero un aspecto ligeramente más cuidado que el de la variante de cuatro puertas (que ya es bueno en este aspecto). Todos los Clase E Estate tienen de serie ganchos metálicos, perchas, cintas elásticas, una toma de 12 voltios o una caja de plástico plegable que se puede guardar en el doble fondo. La iluminación corre a cargo de dos plafones de ledes ubicados en los pilares posteriores.

Opcionalmente se puede pedir un conjunto compuesto por raíles metálicos (imagen), correas y separadores que permiten adaptar el espacio de carga para asegurar piezas de diverso tamaño. También es posible dividir el espacio destinado a los ocupantes de la carga con una red que se coloca en vertical. Esta red (que sale de carrete de la bandeja del maletero), se puede colocar justo detrás de los asientos posteriores o de los anteriores. Bajo el piso del maletero hay un doble fondo muy grande donde cabe una maleta de tipo cabina de avión o un par de bolsas de la compra.

Como en el modelo anterior, es posible pedir dos plazas adicionales que se despliegan desde el piso del maletero. Están dispuestas en el sentido contrario a la marcha y, por su tamaño, están diseñadas para transportar únicamente a niños (Mercedes-Benz dice que de hasta 1,15 metros de altura). El precio de esta opción es 1664 o 1729 euros, en función de la versión elegida.

Todos los Clase E Estate tienen una suspensión posterior con muelles neumáticos que son capaces de mantener la parte trasera de la carrocería a una altura fija, independientemente del peso de la carga que se transporte —admite una carga máxima de 745 kg— o mientras tira de un remolque —puede remolcar hasta 2100 kg—. Otro extra es una bola de remolque que se puede plegar cuando no se está utilizando gracias a un motor eléctrico —tiene botones para realizar la acción tanto en la puerta del conductor como en el portón trasero— y queda guardada bajo el parachoques. Esta bola tiene unos anclajes especiales destinados a montar un portabicicletas (puede llevar cuatro y soporta hasta 100 kg).

De acuerdo con nuestras mediciones, la única diferencia entre el Clase E Estate y el Clase E está en la altura libre al techo en las plazas posteriores, donde hay dos centímetros más en la variante familiar (en ambos casos, medidos en unidades con techo panorámico de cristal). En esta misma fila de asientos hay 74 centímetros de espacio para las piernas, es decir, un poco menos que en un Volvo V90 (78 cm), un Audi A6 Avant (76 cm) o un BMW Serie 5 Touring (75 cm). La anchura entre puertas es 144 centímetros, un valor que lo sitúa en las primeras posiciones de nuestro listado comparativo pero que, sin embargo, no permite que tres adultos viajen con comodidad (tres niños sí).

Salvo por aquella información relativa al maletero y a la altura disponible en las plazas traseras, todos los datos e impresiones recogidas en en apartado Impresiones del interior del Clase E berlina son perfectamente aplicables al Clase E Estate.