Los dos motores del Mazda5 CRTD tienen conducto común, con una presión de 1.800 bar (que es un valor elevado) y con hasta seis inyecciones por ciclo. Los inyectores tienen seis orificios.

La relación de compresión es 16,7 a 1. Es un valor bajo, inferior al del motor 2.7 TDi de Audi (17,0 a 1) pero no tanto como el del Toyota Avensis D-4D 177 CV (15,8 a 1). Según Mazda, una relación de compresión baja favorece una baja vibración cuando el motor gira a régimen de ralentí.

Las dos versiones del motor tienen un filtro cerámico de partículas (fabricado por Mazda) que necesitan para cumplir la normativa vigente de emisiones.

Para el correcto funcionamiento del filtro es necesario eliminar cada cierto tiempo los residuos que quedan atrapados en él. Ello se hace de forma automática: unos sensores miden la diferencia de presión de los gases a la entrada y salida del filtro; a partir de cierto valor la centralita del motor considera necesaria la limpieza.

Cuando esto sucede se inyecta combustible durante la fase de escape. De esta manera se aumenta la temperatura de los gases (que tienen que estar entre 350 y 500 grados) y éstos queman los residuos sólidos al pasar por el filtro, limpiándolo.

No obstante, aunque el proceso de limpieza es automático Mazda avierte que en ciertas condiciones (por ejemplo si se conduce muchos kilómetros seguidos a baja velocidad) se puede iluminar un testigo en el salpicadero que indica que para que el filtro se pueda limpiar es necesario la intervención del conductor. Para ello es necesario conducir durante unos 15 minutos a más de 2.000 rpm y más de 40 km/h.

Mazda recomienda utilizar un aceite que comercializa en sus concesionarios «Exelia», para mantener el filtro de partículas en correctas condiciones durante su tiempo de vida estimado (unos 240.000 km).

Las versiones Diesel son 130 kg más pesadas que las de gasolina (principalmente a causa del motor, del cambio de marchas y de la mayor abundancia de material aislante) y tienen dirección hidráulica en lugar de electro-hidráulica que tienen las versiones de gasolina.