La carrocería está hecha de fibra de carbono salvo el techo y las puertas, que son de acero (no tiene elementos de aluminio, como el Diablo).

La silueta y proporciones del Murciélago pueden recordar al Diablo, pero hay rasgos muy distintos, especialmente en los elementos relacionados con el flujo de aire. Llaman la atención las grandes tomas de aire delanteras para refrigerar los frenos. Le dan un aspecto semejante al de otros deportivos que tienen el radiador delante, como el Ferrari Modena o el Porsche 911, aunque el Murciélago los sigue teniendo detrás. Las salidas de aire de los radiadores también son muy grandes; como ocurría en el Diablo GT, esas salidas destacan en la parte trasera, en el lugar donde otras versiones del Diablo tenía ese labio que hace de paragolpes.

Hay dos elementos aerodinámicos variables. Uno, las tomas de aire para refrigeración del motor que hay detrás de las puertas; según las condiciones de conducción, esas tomas se abren más o menos. Según Lamborghini, la máxima capacidad de refrigeración sólo hace falta un quince por ciento del tiempo en conducción normal.

El otro es un alerón trasero que varía el apoyo aerodinámico: entre 0 y 130 km/h tiene un ángulo de 30°; entre 130 y 220, de 50°; y por encima de 220 km/h, de 70°. En función de la apertura de las tomas de aire y de la posición del alerón, el coeficiente de penetración Cx varía entre 0,33 y 0,36; 0,33 no está mal para un coche de estas características.

Tiene algunos detalles, como un limpiaparabrisas de un solo brazo (tipo pantógrafo); faros de xenón para cortas y largas; espejos retrovisores muy sobresalientes y plegables (parece ser que no se pliegan solos a gran velocidad); y puertas que se abren hacia delante y hacia arriba (como en el Diablo).