El interior del Santa Fe supone un avance importante respecto al anterior en habitabilidad y calidad aparente.Los plásticos que ha utilizado Hyundai presentan un buen aspecto y los ajustes de las piezas que están a la vista son correctos. Un Jeep Grand Cherokee, que es más caro, ni tiene mejores materiales ni está mejor rematado (salvo que haya mejorado notablemente desde su lanzamiento).

En el habitáculo hay plástico duro de dos tonos, tanto en las puertas como en el salpicadero. El empleado para la parte superior tiene un acabado superficial que le da muy buen aspecto. En esas zonas también hay detalles decorativos en símil madera y metal.

El cuadro de instrumentos incluye una pantalla con información de autonomía, consumo medio y distancia recorrida. El climatizador es de dos zonas; la versión de siete plazas tiene un equipo adicional de aire acondicionado en las plazas traseras. La iluminación de la intrumentación, mandos y diversas pantallas es de color azul.

El habitáculo destaca por la anchura disponible, el espacio para las piernas es bueno. En el caso de montar techo corredizo y asiento del conductor con reglajes eléctricos, la altura en la plaza del conductor es más reducida de lo normal en un todoterreno de este tamaño.

Detrás, hay sitio suficiente para que viajen tres adultos, pero no irán cómodos. El de la plaza central porque tanto la banqueta como el respaldo sobresalen en esa zona; los de las laterales porque la zona más próxima a la puerta está más alta. El espacio para las piernas es suficiente para que una persona de 1,85 m quepa detrás con un conductor de su misma talla.

Los asientos traseros no se pueden desplazar longitudinalmente, como sí lo hacen los del Toyota RAV4, pero sí que se puede modificar la inclinación de los respaldos.

El maletero permite introducir un objeto de 116 mm de ancho por 100 mm de largo y 43 mm de alto (hasta la bandeja extensible que lo cubre). Bajo su piso hay un doble fondo dividido en dos partes: en una, la más próxima al portón, están las herramientas y el gato; en la otra, que es de mayor tamaño, hay un hueco con diversos compartimentos con espacio para guardar objetos de una altura de hasta 17 cm. La distancia del piso del maletero hasta el suelo es 70 mm.

El acceso a la tercera fila es difícil, ya que el asiento de la segunda no deja mucho espacio al abatirlo hacia delante. Cuando se usa la tercera fila el espacio disponible en el maletero es mínimo. Si el Santa Fe lleva estos asientos suplementarios pierde el doble fondo que hay en el maletero. Otro inconveniente con estos asientos es que no puede llevar la cortinilla enrrollable del maletero, ya que en el lugar donde van sus soportes están las salidas de ventilación adicionales para estos asientos.

Hay sitios suficientes para guardar los objetos que habitualmente podamos llevar encima. Estos son: un cajón en la parte superior salpicadero (imagen), las bolsas en puertas (imagen), un doble cajón bajo el apoyacodos con el más grande refrigerado (imagen) y una bandeja de goma en la parte inferior de la consola (imagen); salvo las bolsas de las puertas, el resto de los huecos están recubiertos de un símil de terciopelo. La guantera también está forrada y tiene luz. En el techo hay un portagafas y un retrovisor (para ver a los pasajeros traseros) escamoteables (imagen); los parasoles tienen tapa, están iluminados y tienen una parte extensible (imagen).

Los pasajeros de las plazas traseras también cuentan con diversos espacios. Hay unas bolsas elásticas en los respaldos de los asientos delanteros, las puertas tienen hueco para guardar cosas como una lata de refresco o un cuaderno y en la parte final de la prolongacion de la consola hay un pequeño hueco recubierto de goma y un cajón tapizado. En el apoyabrazos hay un par de portavasos (imagen).