Hay dos motores nuevos en la gama Peugeot 406 y cambios en el equipamiento. Ya no se vende el 406 1.8 de 110 CV porque, en su lugar, hay un motor nuevo de 116 CV de potencia máxima, que gasta y contamina menos. Hasta ahora el 406 tenía un 1,8 l de gasolina que pertenece a una generación de motores de Peugeot de mediados de los 80 (llamada XU). Ha sustituido paulatinamente estos motores por una nueva generación (llamada EW), pero hasta ahora no le ha tocado el turno al que comercialmente se conoce como 1.8.

El nuevo motor EW tiene 1,7 litros de cilindrada (1.749 cm³), 116 CV a 5.500 rpm de potencia máxima y 160 Nm a 4.000 de par máximo. Es un motor con bloque de hierro, pero más ligero que su antecesor, y a diferencia del XU al que reemplaza, tiene culata de cuatro válvulas por cilindro. Este motor está unido a una transmisión distinta, con embrague de mando hidráulico y desarrollos más cortos.

El 406 puede llevar ahora el motor Diese HDI de 2,2 l de cilindrada y 133 CV que estrenó el 607. Este motor ha sido pionero en el uso de métodos de descontaminación como el filtro de partículas. Es un cuatro cilindros que, por su gran cilindrada unitaria, necesita árboles de equilibrado para eliminar ciertas vibraciones. Su potencia máxima es alta -133 CV a 4.000 rpm- pero comparativamente lo es más su par máximo: 317 Nm a 2.000 rpm. Esta cifra de par indica que, con relación a su cilindrada, el motor de Peugeot tanta fuerza como motores Diesel muy sofisticados técnicamente, como los de cinco y seis cilindros CDI de Mercedes o el V6 TDi de Audi, y más fuerza con relación a su cilindrada que los seis cilindros Diesel de BMW. El HDi 2.2 tiene culata de cuatro válvulas por cilindro con doble árbol de levas, inyección por conducto común y turbocompresor de geometría variable. Habrá motor HDI 2.2 para todas las carrocerías del 406: la berlina, el familiar e incluso el cupé; los primeros estarán a la venta en noviembre y el cupé a principios de 2001.

Otra novedad en la vertiente Diesel del 406 es que el HDI de 109 CV puede llevar la caja de cambios automática de Peugeot. Es una caja muy eficaz en la selección de las marchas (controlada electrónicamente) pero sólo con cuatro velocidades.

Peugeot pondrá en todos los 406 servofreno de emergencia, un dispositivo que amplifica automáticamente la asistencia del servofreno si detecta una frenada de emergencia. Este sistema compensa que, eventualmente, el conductor no pise el freno con la rapidez conveniente en ese tipo de frenadas. También pondrá control de estabilidad, pero sólo para las versiones más caras (con motor V6) y no hasta 2001.