Pueden viajar hasta cinco personas adultas y dos niños, distribuidas en tres filas de asientos. En coches de este tamaño, sólo pueden encontrarse siete plazas en el Opel Zafira. La fila central de asientos es una banqueta dividida en dos partes (60/40).

Se puede quitar el asiento del acompañante o usar como mesa, cada parte del asiento central se puede abatir o desmontar del todo de forma individual (se puede dejar un asiento en la fila central).

Los asientos de la fila central también pueden desmontarse. La parte situada a la derecha (un solo asiento) pesa 22 kg; la otra (dos asientos) pesa 32 kg, por lo que resulta difícil de manejar. Una solución menos trabajosa es plegar esta fila de asientos, operación que se realiza con facilidad.

Los pasajeros de la fila central disponen únicamente de ventanillas que se abren manualmente a compás, no se bajan ni se desplazan lateralmente. Las ventanillas que corresponden a la última fila de asientos también se abren a compás, pero de forma eléctrica desde el puesto de conducción.

Si se desmontan todos los asientos (salvo el asiento del conductor, que no se puede), la longitud total en el interior es 2,97 m, que es mucho más de lo que se puede encontrar en coches más grandes, incuidos monovolúmenes.

Todos los asientos tienen cinturones de seguridad de tres puntos y resposacabezas; los laterales tienen —además— tensores de emergencia y limitador de tensión. El asiento del copiloto pesa 22 kg. Al desmontarlo, es imprescindible desconectar un cable con lo que se tiene garantía de que el airbag de ese lado no saltará en caso de accidente. Si se desconecta pero el asiento permanece en el sitio, suena una señal de aviso.

Con todos los asientos fuera del habitáculo, el espacio de carga del Vaneo es grande. La anchura está limitada por la parte posterior, que a la altura de los hombros no pasa de 124 cm, prácticamente idéntica a la altura máxima. La profundidad de la carga, si se suprime la segunda y tercera fila de asientos, es unos 200 centímetros (mucho para un coche de este tamaño); si sólo se elimina la tercera fila, 100 centímetros. El volumen mínimo del maletero, según los datos proporcionados por la marca es de 715 litros (sin la tercera fila de asientos) y el máximo de 3.000 litros (ocupando hasta el techo).

Los asientos de la tercera fila son aptos para niños entre 12 y 36 kg de peso y, por lo que dice Mercedes, parecen muy seguros. Tienen cinturones de seguridad de tres anclajes, limitador de tensión, abultados soportes laterales para sujetar la cabeza del niño, reposacabezas y una especie de «brazos» laterales que se pueden ajustar al tamaño del cuerpo para que el niño viaje más cómodo. Estos asientos infantiles pueden ser desmontados sin necesidad de herramientas, o plegados para que no reduzcan demasiado la capacidad de carga. El Mercedes-Benz Vaneo con equipamiento «Family» también tiene asientos adaptados al tamaño de los niños pequeños integrados en la segunda fila de asientos.

Que en la última fila sólo puedan ir niños no es un problema de espacio, ya que sobra altura y hay sitio holgado para las piernas. Se trata de que los asientos no están homologados para transportar pesos superiores (más información).

El acceso a la última fila de asientos puede realizarse desde cualquiera de las dos puertas correderas laterales, que dejan un vano amplio. Lo mejor es acceder desde el lado derecho, ya que esa parte del asiento (individual) se abate de forma más sencilla.

En el maletero tiene dos elementos que están destinados a facilitar la carga de objetos pesados, y a proteger contra suciedad y rasguños. Uno es un «falso suelo» que se desplaza longitudinalmente; el proceso para hacerlo es: abrir es el maletero, tirar de este panel (tiene asa), colocar el objeto deseado (hasta 120 kg) y empujar hasta su posición original. Es algo que anteriormente tenía el BMW Serie 5 Touring, muy útil bien para objetos muy pesados, que no se podrían deslizar bien por el suelo del maletero y que cuesta meterlos, o bien como mesa de apoyo para manipular cómodamente algún objeto como se puede ver en esta foto.

Para no manchar el maletero hay un accesorio que consiste en una caja que contiene una cubierta de plástico resistente plegada. Una vez desplegada, protege el techo, los laterales y suelo de la parte trasera del Vaneo. El volumen máximo de carga es 3.000 litros, 715 con sólo dos filas de asientos.